Antes de hablar sobre los subdominios y su relación con el SEO, debemos tener una definición clara de Subdominio el cual es una subclasificacion de un dominio principal. De manera general un subdominio es utilizado para organizar de manera más efectiva los archivos de un sitio web. El subdirectorio como su nombre lo dice es una organización que procede despues del dominio para indicar el punto en el que se encuentra el usuario.

Utilizar un subdominio en un proyecto web solo se debe hacerse cuando sea extremadamente necesario. Lo digo porqué es más difícil posicionar un subdominio ya que para Google es considerado como un dominio de segundo nivel.

Por ejemplo es más difícil posicionar el subdominio blog.sitio.com que posicionar el subdirectorio sitio.com/blog. Esto se debe a que el PageRank del dominio influyen en el posicionamiento del mismo. Mientras en el primer ejemplo parte de un Pagerank 0 en el segundo ejemplo partes del PageRank que tenga tu dominio principal. Recuerda utilizar subdominios solo cuando sea extremadamente necesario. Recomiendo que utilices el subdominio para cuando tengas que integrar un foro a tu sitio principal. Para los demás casos utiliza subdirectorios.